2010 年開始正式接觸 Linux，入門發行版是 Ubuntu 10.10，后來過渡到 Ubunu 11.04， 這其中也嘗試了很多其他主流的發行版。進入實驗室之后，開始用 CentOS 5，然后是 CentOS 6，現在進化到 CentOS 7。
使用了四年的 Linux，前三年都是在瞎折騰，浪費了不少時間，也得到了不少經驗與教訓。 現在可能是真的老了，已經不愿意折騰了，只希望配置好一個系統之后，就一直使用下去。
為什么要寫/讀這一篇
使用 Linux 尤其是 CentOS 會遇到一些坑，或是一些有潔癖的人不能忍的事情：
官方源中的軟件包版本太老，在功能上無法滿足需求; 多個源的軟件包存在版本沖突; 手動編譯軟件，默認會將不同文件放置在/usr/local下不同的子目錄下，使得軟件的更新和刪除變得麻煩。 等等…
在經歷了幾次重裝 CentOS 之后，特總結出如下幾條軟件安裝的方法與原則，以盡可能保證當前系統的穩定、整潔，盡可能降低系統潔癖引起的重裝沖動。
以下所說，僅限于 CentOS7，對其他發行版，或許有借鑒意義。
官方源
CentOS 自帶的四個官方源中，默認打開的有 base、updates、extras，這三個源中包含了約 9000 個軟件包，是最穩定、也是最值得信賴的源。
因而若一個軟件包在官方源內，則應通過官方源安裝:
sudo yum install PackageName
第三方源
官方源雖然包含了很多軟件包，但無法滿足日常需求。幸好有第三方源，可以作為官方源的補充。
在使用第三方源的過程中，最怕遇到這兩個問題：
第三方源和官方源中有相同的包，導致官方源的包被第三方源替代; 多個第三方源中存在同一個軟件包，且版本不一致，存在沖突;
這兩個問題經常是致命的，出現各種預料不到的后果，因而選擇第三方源要遵循如下原則：
只選擇可靠的第三方源，要確保第三方源不會替換官方源中的包; 使用盡量少的第三方源，以保證第三方源之間不會沖突;
就 CentOS 而言，根據以上的原則，使用如下第三方源：
大型第三方源，已確認不會替換官方源的包，且相互之間無沖突 EPEL：包含 6500 多個軟件，科研必備 ELRepo：包含幾十個各種硬件的驅動程序 Nux Dextop：多媒體相關的軟件包(與 EPEL 的個別軟件相沖突，可忽略)
有些小型第三方源，僅包含了幾個軟件，確認與官方源和 EPEL 源不會沖突，也可以添加 Google Chrome：包含了 Google Chrome，不會與官方源和 EPEL 源沖突; Adobe：僅包含 flash 插件，已確認不會沖突; dropbox：僅包含 dropbox 一個軟件，已確認不會沖突;
因而，若一個軟件包位于 EPEL、ELRepo 中，或一些小型的第三方源中，則添加該第三方源，并用yum命令安裝:
sudo yum install PackageName
官方 rpm 包
大部分非開源的軟件，在 CentOS 官方源或 EPEL 中是沒有的。有些軟件的官方網站會提供官方 rpm 包。此時可以從官方網站下載與當前系統對應的 rpm 包，直接用如下命令安裝:
sudo rpm -i PackageName.rpm
比如，WPS for Linux 就是其中一個。在安裝的過程中 rpm 命令會自動檢查依賴關系，若該軟件所依賴的包在官方源和 EPEL 源中可以找到，則自動安裝。
直接安裝 rpm 包的做法相當省事，但該軟件不能由 yum 更新，稍稍麻煩一點。有些軟件，比如前面提到的 Google、Dropbox 和 Adobe 其實也可以通過這種方法安裝，在安裝的同時會給系統添加源，對于這類軟件依然可以很方便的更新與刪除。
解壓即用
有些軟件，官方提供了壓縮包，解壓之后即可直接運行其中的二進制文件，比如很多Java寫的軟件。這類軟件沒有給源代碼，而是給了可以在當前平臺下直接執行的二進制文件。大多數非開源的商業軟件都采取這種辦法。
比如 sublime_text、pycharm、mendeley、TauP、sac 等，直接解壓，然后將解壓后的文件夾復制到/opt目錄下，然后將該軟件的 bin 目錄加入到 PATH 中即可。 比如 Mathematics、Matlab、intel studio，軟件包中提供安裝腳本，執行該腳本即可安裝;
Linux 下的習慣是，商業軟件或第三方軟件都安裝到/opt目錄下，這也是大多數商業軟件包的默認安裝路徑，盡量遵循該習慣。
第三方 rpm 包
有些軟件，CentOS 源和 EPEL 源中找不到，官方又沒有提供 rpm 包，但是其他第三方源提供了 rpm 包。分情況討論：
若該第三方源只包含了很少量的包，且確定這些包與官方源以及其他已使用的第三方源不沖突，則可以添加該第三方源。 若該第三方源包含了很多軟件，很可能與官方源或 EPEL 源有沖突，則不添加該源 若該軟件包沒有復雜的依賴關系，則直接安裝該源中的 rpm 包; 若該軟件包依賴于該第三方源中的其他包，則放棄，尋找其他方法;
第三方包管理器
不同的發行版使用不同的軟件包管理器，CentOS 使用 yum，Ubuntu 使用 apt-get。近些年又出現了一些與發行版無關的第三方包管理器，比如 Linuxbrew、Gentoo Prefix、pkgsrc。
Linuxbrew
Linuxbrew 是由 OS X 平臺下非常流行的 Homebrew 移植到 Linux 下的。Linuxbrew 可以作為系統自帶的包管理器的一個補充。其特色在于：
所有軟件都安裝在${HOME}/.linuxbrew目錄下; 軟件的版本相對很新; install、uninstall、info、list、update、upgrade 等功能 若庫中沒有需要的軟件包，可以很簡單地自己創建 formulae
試用了一下，一個比較坑的地方是，linuxbrew 會自己內部解決依賴問題。比如，我試著通過 linuxbrew 安裝 terminator，然后發現 terminator 依賴于Python，盡管系統已經安裝了 python，linuxbrew 還是會安裝一份 python，又由于 python 依賴于更多的東西，導致又安裝了更多軟件包在 home 下。而且，linuxbrew 是從源碼編譯軟件的，所以相對來說速度較慢。
編譯源碼
大部分軟件用前面的幾種方法應該都能安裝上了。如果沒安裝上，那就得問問自己，真的需要安裝這個軟件么。如果不是非常必要的話就不要安裝啦。如果是必須的軟件，那就必須要手動編譯了。
常見的源碼編譯，一般也就是如下幾步。當然，具體情況具體對待:
tar -xvf xxxx.tgz ./configure --prefix=/opt/xxxx make sudo make install
一般來說，這類軟件的默認安裝目錄都是/usr/local，最終文件會被分別放在/usr/local的 bin、lib、share、man 目錄下。
我個人非常不喜歡這種方式，因為作為一個通過源碼編譯的軟件來說，意味著編譯者 要完全負起管理該軟件的義務，這樣的放置方式會來更新或卸載軟件帶來很多麻煩。 所以我總是會在 configure 的時候加上 prefix 手動指定安裝路徑。要卸載該軟件就直接刪除 /opt 下對應的目錄，要更新的話，也可以先刪除，再重新編譯一遍。這樣做稍微麻煩的一點是， 需要手動將該軟件的 bin 目錄加入到 PATH 中，還有可能需要修改LD_LIBRARY_PATH。 但是一般來說，需要編譯源碼的軟件很少，所以不會造成太大的麻煩。
編譯代碼
好吧，其實我不知道該怎么起標題了。。
前一節 “編譯源碼” 主要針對的是一些大型軟件包，這一節 “編譯代碼” 指的是對一些 專業性很強的小代碼包的處理方式。比如有些軟件包編譯之后實際需要的只是一個 二進制文件，這個時候就沒有必要安裝到/opt了，合適的方式是在自己的 HOME 下 建立 bin 目錄，并將其路徑加入到.bashrc中，然后將編譯生成的二進制文件復制 到該目錄下即可:
mkdir ${HOME}/bin echo 'export PATH=${HOME}/bin:$PATH'>> ~/.bashrc
比如我的${HOME}/bin目錄下有如下文件：
distaz：給出地球上兩點經緯度，計算震中距和方位角 pssac：在 GMT 中繪制 SAC 文件 rdseed：SEED 格式轉 SAC 格式 win2sac_32、catwin32：Hi-net 網站提供的用于處理 Hi-net 數據的程序 st：sublime_text 被安裝到/opt目錄下，在此建立一個軟鏈接，方便在命令行調用 sublime text wlt.pl：校內用于登陸網絡通的腳本，在命令行修改網絡端口，好 happy fk、fk.pl、syn、trav：Prof.Lupei Zhu 的用于計算合成地震圖的程序，源代碼有不少，實際需要用的也就這三個可執行文件和一個 perl 腳本。 matlab：指向 matlab 的一個軟連接;
不要隨便什么二進制文件都往 bin 里放，這里只應放一些常用的命令或很通用的工具。
自成系統的軟件
有一類軟件，其擁有眾多模塊或包，為了管理這眾多的模塊，就需要擁有一個自己的模塊 / 包管理器。這其中以 TeX、Perl 和 Python 為代表。對于這一類軟件，其眾多的模塊是最大的優勢，也是最值得利用的資源，因而我通常會選擇手動安裝它們，原因如下：
系統的源中不可能包含該軟件的所有模塊; 系統的源中該軟件的模塊的更新要遠遠滯后于最新版本;
當然，即便是使用系統自帶的版本，也依然可以用該軟件自帶的包管理器來安裝模塊。但將導致：
部分模塊用系統的 yum 管理，部分模塊用軟件自帶的包管理器管理; yum 安裝的模塊一般版本較老，軟件的包管理器要安裝的大多是最新版本;
這一方面會導致模塊管理的混亂，另一方面用軟件自帶的包管理其安裝模塊時，可能會依賴于其他模塊的最新版本，若該模塊是通過系統 yum 安裝的較舊的版本，則可能導致模塊的安裝失敗。
因而，對于這類軟件，一般單獨安裝，并用各自的包管理器管理模塊：
TeXLive：通過 TeXLive iso 鏡像文件安裝，使用其自帶的 tlmgr 管理包 Perl：通過 plenv 安裝最新版本的 Perl，使用 plenv 自帶的 cpanm 安裝模塊 Python：通過 pyenv 安裝最新版本的 Python，使用 Python 自帶的 pip 安裝模塊
例外
有規則總有例外。
第三方源
mosquito-myrepo 是一個私人維護的源，其中包含了中文輸入法、QQ、飛信、為知筆記、有道詞典、百度云以及若干音頻、視頻播放器。我對這個源的態度是又愛又恨，其提供了很多中國人需要的軟件，但因為其依賴于除 EPEL 外的其他第三方軟件源，進而可能導致包沖突。所以對該源的使用，要保持謹慎。
總結
簡單總結一下:
為系統添加 EPEL 源、Nux Dextop、ELRepo 源和個別其他小型第三方源 能夠從源中安裝的就從源中安裝 不能從源中安裝的盡量找 rpm 包安裝 找不到 rpm 包的就試試 linuxbrew 能不手動編譯的就不要手動編譯
